W leczeniu zwierząt możliwość wykorzystania mikroskopu do badań była wręcz przełomowa. Pozwoliła bowiem na zdiagnozowanie, a także odkrycie nowych chorób. Im bliżej je poznano i opisano, tym łatwiej było znaleźć na nie skuteczne lekarstwo. Dzisiaj w weterynarii mikroskop pozwala między innymi pobrać próbki zeskrobin skóry i na ich podstawie ustalić występowanie takich pasożytów jak nużeniec, czy świerzbowiec. Umożliwia też zbadanie wydzielin, czy rozmazów krwi. Weterynaria jest dzięki mikroskopom o wiele skuteczniejsza w niesieniu pomocy zwierzętom.
